Метод подразделяется на два этапа, этап выделения вирусов и их идентификация. Материалами могут служить кровь и прочие патологические и биологические жидкости, а также биоптаты тканей и органов.

Взятие СМЖ (спинно – мозговой жидкости) производится врачом в процессе люмбальной функции, в сухую стерильную пробирку, в количестве один-два мл. Проба немедленно доставляется в лабораторию, где немедленно приступают к ее исследованию. Если возможности быстрой транспортировки нет, материал хранится в течение нескольких часов при 37 градусах.

По возможности, транспортировка в лабораторию материала должна производиться немедленно, или не больше одного-двух часов после взятия. Существует необходимый температурный режим для проб материала, так, например, стерильные материалы (спинномозговая жидкость, кровь) хранятся и доставляются в лабораторию при 37 градусах.

Использование бактериологического метода помогает в выделении возбудителя в чистой культуре из материала, который получен от больного, а затем, на основании анализа комплекса свойств, идентифицировать его. Бактерии, в большинстве своем способны культивировать на разных искусственных питательных средах (но не риккетсии и хламидии), по этой причине бактериологический метод играет огромную роль в диагностике большого количества инфекционных заболеваний.